菏泽学院学生会是在学校党委领导下的主要学生组织，接受校团委和上级学联的双重指导，是学校联系广大同学的桥梁和纽带。校学生会以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，以加强对学生的政治引领为根本，以全心全意服务同学为宗旨，及时向同学传达党的声音和主张，引导广大同学自觉把个人理想融入到党和人民的共同奋斗之中。
校学生会严格遵守国家的法律法规和学校的规章制度，依照《菏泽学院学生会章程》开展工作。校学生会面向全体同学，指导各二级学院（分校）学生会，坚持从同学中来、到学生中去，听取、收集同学在学业发展、身心健康、社会融入、权益维护等方面的普遍需求和现实困难，积极有效开展工作。学生会以“主席团+工作部门”的模式运行，实行轮值制，主席团5人，下设6个部门：秘书处、组织部、学习实践部、文化活动部、权益部、宣传部。
秘书处：主要负责学生会文件及规章制度的起草归档和管理，参与校学生会大型活动的策划、组织、协调和保障工作；负责学生会公共资产管理、办公室值班人员安排、来访人员接待；负责对各二级学院（分校）学生会工作考核;负责校学生会纳新工作。
组织部：主要负责对全校团员的思想引领、团务及学生干部培养等工作；负责“智慧团建”的后台管理与团关系转接；负责青马工程培训班的组织工作、团员证的注册盖章；协助老师对各学院团委工作进行考核。
学习实践部：主要负责引导全校学生加强学业学习，“周四论坛”学习整体策划；负责对“青年大学习”工作监督指导；负责每年“挑战杯”等科技创新赛事的组织协调工作；定期组织考研分享交流会、名师讲座等活动。
文化活动部：主要负责组织开展新年联欢会、迎新晚会、全民健身系列活动、“科技文化艺术节”、“体育文化艺术节”、“传统文化节”等校园文体活动，引导同学们提高文化修养，增强强身健体意识，实现德智体美劳全面发展。
权益部：主要负责维护广大同学合法权益。通过“菏小益”直接面向青年学生，倾听意愿诉求、收集维权信息，及时向学校反映，并跟踪、反馈办理情况；在同学中普及维护自身合法权益的相关知识。
宣传部：主要负责校学生会宣传工作，跟进各项团内活动，负责对各项活动进行拍照、录像、直播等；将活动及时宣传报道，整理撰写稿件向各平台推送；负责制作各项活动的宣传视频、海报等。
